导演：拉娜·沃卓斯基 莉莉·沃卓斯基 

主演：基努·里维斯 劳伦斯·菲什伯恩 凯瑞-安·莫斯 雨果·维文 贾达·萍克特·史密斯 凯特·宾汉 玛丽·爱丽丝 莫妮卡·贝鲁奇 埃茜·戴维斯 克里斯托弗·卡比 罗伯特·马莫内 罗宾·奈文 吉娜薇·欧瑞丽 诺娜·加耶 纳撒尼尔·利斯 哈里·列尼斯 哈罗德·佩里诺 鲁伯特·雷德 凯文·迈克尔·理查德森 大卫·罗伯茨 布鲁斯·斯宾斯 吉娜·托瑞斯 克莱顿·华生 赫尔穆特·巴凯蒂斯 邹兆龙 乔·曼宁 Tanveer K. Atwal 拉黑·休姆 康奈尔·韦斯特 伯纳德·怀特 朗贝尔·维尔森 安东尼·布兰登·黄 安东尼 

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。